Dokumentarna zbirka sadrži rukopise, strojopise, osobne dokumente, prijepise i kopije dokumenata iz 19. i 20. stoljeća koji se odnose na školovanje i praksu hrvatskih liječnika i ljekarnika ili su vezani za rad medicinskih i farmaceutskih ustanova i društava. Zbirka je u stalnom razvoju i upotpunjava se putem donacija.

Otorinolaringološka zbirka sadrži raznovrsnu građu vezanu za široko područje otorinolaringologije: opremu ordinacije, instrumente, uređaje, pomagala, pribor; zbirke stranih tijela izvađenih iz grla pacijenata; nastavna pomagala: medicinske crteže – plakate, ilustrativne materijale, trodimenzionalne modele; tiskarske matrice za pripremu udžbenika otorinolaringologije; histološke, osteološke i patološke preparate i drugo. Predmeti su nastali u vremenskom rasponu od 1920-ih do kraja 20. stoljeća. Najveći dio zbirke čini baština ORL klinike na Šalati, a dopunjava se putem donacija, među kojima se ističe donacija medicinskih instrumenata, dijelova opreme ordinacije i dokumentarne građe iz ostavštine akademika Ive Padovana.

Stomatološka zbirka sastoji se od stomatoloških instrumenata, pribora i uređaja, uglavnom iz 20. stoljeća. Zbirka se upotpunjava putem donacija, među kojima se ističe donacija predmeta iz ordinacije stomatološke obitelji Kallay – Matković.

Zbirka ambalaže i propagande farmaceutskih proizvoda sadrži raznovrsnu ambalažu ljekarničkih pripravaka (19. – 20. st.) i proizvoda farmaceutske industrije (20. st.) te promidžbene materijale – predmete koji nose nazive farmaceutskih tvrtki i proizvoda, poput skala za doziranje lijekova, kemijskih olovaka, privjesaka, blokova za bilješke i slično. Zbirka je u stalnom razvoju.

Zbirka fotografija sadrži atelijerske i dokumentarne fotografije tematski vezane za medicinu i farmaciju odnosno liječnike i ljekarnike. Većinom su crno-bijele. Neke od njih kaširane su na karton, neke uokvirene, a druge pak složene u fotoalbume. Fotografije su snimljene u 19. i 20. stoljeću. Zbirka je u razvoju, dopunjava se donacijama.

Zbirka ljekarničke opreme, namještaja i utenzilija sadrži raznovrsne upotrebne i ukrasne predmete koji potječu iz hrvatskih ljekarni, a nastali su u vremenskom rasponu od 17. do 20. stoljeća. Zbirka obuhvaća garnituru namještaja oficine, pojedinačne komade namještaja, natpisne pločice, dekorativne predmete, ljekarničke vage i utege, mužare i pistile, ljekarničku prešu, kućne i putne ljekarne, homeopatske priručne ljekarne, laboratorijske posude te uređaje i pribor za izradu lijekova i biljnih pripravaka. Zbirka je sačuvana u Odsjeku za povijest medicinskih znanosti HAZU koji ju je naslijedio od Instituta za povijest farmacije, a dopunjava se donacijama.

Zbirka medicinske opreme, instrumenata i pomagala sadrži medicinske uređaje i dijelove uređaja, garniture medicinskih instrumenata i pojedinačne instrumente, raznovrsni medicinski pribor i pomagala te sanitetski materijal. Predmeti su nastali u 19. i 20. stoljeću. Građa inicijalne jezgre zbirke prikupljena je u Hrvatskome liječničkom zboru za postav Muzeja za povijest zdravstva u Hrvatskoj (1944.), a nadalje se zbirka dopunjavala građom iz hrvatskih medicinskih ustanova i privatnih ostavština koja se do osnutka Muzeja čuvala u Odsjeku za povijest medicinskih znanosti HAZU. Zbirka je u stalnom razvoju.

Zbirka memorabilija, osobnih i uspomenskih predmeta sadrži odlikovanja, medalje, plakete, značke, privjeske, natpisne ploče, grbove, cimere, pečate, suvenire stručnih i znanstvenih skupova iz područja medicine i farmacije te osobne predmete hrvatskih medicinara i farmaceuta iz 19. i 20. stoljeća. Među ostalim privatnim ostavštinama, zbirka uključuje zanimljivu kolekciju osobnih predmeta iz radne sobe u privatnom stanu Hrvoja Tartalje, osnivača Instituta za povijest farmacije. Zbirka je formirana putem donacija.

Zbirka nastavnih i muzeografskih pomagala sadrži raznovrsne predmete: uokvirene ilustracije, kolaže crteža i fotografija s legendama, odljeve, modele, mulaže, dijapozitive, opremu za dijaprojekciju, zemljovide, rukopisne legende, izložbene panoe, postere i plakate koji imaju povijesnu vrijednost jer su neki od njih korišteni kao nastavna pomagala u hrvatskoj visokoškolskoj nastavi medicine i farmacije, a drugi kao muzeografska pomagala u postavu Muzeja za povijest zdravstva u Hrvatskoj pri Hrvatskom liječničkom zboru (1944.) te na tematskim izložbama tijekom 20. stoljeća. Inicijalna jezgra zbirke preuzeta je od Odsjeka za povijest medicinskih znanosti HAZU, a dopunjava se donacijama.

Zbirka tiskane građe sadrži raznovrsne tiskovine sa širokog područja medicine i farmacije: letke, natpise, plakate, postere, knjige, brošure i sitni tisak. Veće tematske skupine unutar zbirke čine tiskovine vezane za javno zdravstvo, ljekarništvo i farmaceutsku industriju. Predmeti su nastali u vremenskom rasponu od početka do kraja 20. stoljeća. Zbirka je u stalnom razvoju.