Dokumentarna zbirka sadrži rukopise, strojopise, osobne dokumente, prijepise i kopije dokumenata iz 19. i 20. stoljeća koji se odnose na školovanje i praksu hrvatskih liječnika i ljekarnika ili su vezani za rad medicinskih i farmaceutskih ustanova i društava. Zbirka je u stalnom razvoju i upotpunjava se putem donacija.

Otorinolaringološka zbirka sadrži raznovrsnu građu vezanu za široko područje otorinolaringologije: opremu ordinacije, instrumente, uređaje, pomagala, pribor; zbirke stranih tijela izvađenih iz grla pacijenata; nastavna pomagala: medicinske crteže – plakate, ilustrativne materijale, trodimenzionalne modele; tiskarske matrice za pripremu udžbenika otorinolaringologije; histološke, osteološke i patološke preparate i drugo. Predmeti su nastali u vremenskom rasponu od 1920-ih do kraja 20. stoljeća. Najveći dio zbirke čini baština ORL klinike na Šalati, a dopunjava se putem donacija, među kojima se ističu donacija medicinskih instrumenata, dijelova opreme ordinacije i dokumentarne građe iz ostavštine akademika Ive Padovana te donacija autorskih djela prof. dr. sc. Ranka Mladine.
Medicinski crteži – nastavni plakati iz zbirke ORL klinike na Šalati digitalizirani su i dostupni na portalima DiZbi HAZU: https://dizbi.hazu.hr/a/?pc=i&id=2007346
i e-Kultura: https://ekultura.hr/item-sets/2248817/

Stomatološka zbirka sastoji se od stomatoloških instrumenata, pribora i uređaja, uglavnom iz 20. stoljeća. Zbirka se upotpunjava putem donacija, među kojima se ističe donacija predmeta iz ordinacije stomatološke obitelji Kallay – Matković.

Zbirka ambalaže i propagande farmaceutskih proizvoda sadrži raznovrsnu ambalažu ljekarničkih pripravaka (19. – 20. st.) i proizvoda farmaceutske industrije (20. st.) te promidžbene materijale – predmete koji nose nazive farmaceutskih tvrtki i proizvoda, poput skala za doziranje lijekova, kemijskih olovaka, privjesaka, blokova za bilješke i slično. Zbirka je u stalnom razvoju.

Zbirka fotografija sadrži atelijerske i dokumentarne fotografije tematski vezane za medicinu i farmaciju odnosno liječnike i ljekarnike. Većinom su crno-bijele. Neke od njih kaširane su na karton, neke uokvirene, a druge pak složene u fotoalbume. Fotografije su snimljene u 19. i 20. stoljeću. Uglavnom su zatečene u Odsjeku za povijest medicinskih znanosti HAZU, a dio građe uvršten je u zbirku nakon preuzimanja ostavštine ORL klinike na Šalati (2016.) i donacije Padovan (2018. – 2021.). Zbirka sadrži i kolekciju fotoportreta svjetskih dermatologa iz ostavštine akademika Franje Kogoja.
Značajan dio ove zbirke čini fotografska baština Muzeja za povijest zdravstva u Hrvatskoj koja je preuzeta od Odsjeka za povijest medicinskih znanosti HAZU za Hrvatski muzej medicine i farmacije 2015. godine. Utemeljitelj prvoga hrvatskog muzeja medicine dr. Vladimir Ćepulić prikupio je u suradnji s dr. Stankom Sielskim fotografske negative vezane za povijest zdravstva te je dao izraditi fotopovećanja kaširana na karton i priređena za izlaganje u Muzeju. Nakon što je Muzej otvoren 1944. godine, njegovim upraviteljem je imenovan Lujo Thaller koji ga je koristio i u nastavi iz povijesti medicine, ponovno uvedenoj 1948. godine kao obavezni kolegij. Značajan dio eksponata toga prvog hrvatskog muzeja medicine činile su fotografije vezane za povijest medicine, komunalnu higijenu i javno zdravstvo. Kako se nije ostvario plan o osnutku Muzeja pri Medicinskom fakultetu, građa Muzeja za povijest zdravstva pohranjena je od 1960-ih u Odsjeku za povijest medicinskih znanosti HAZU. Na samim fotografijama većinom su napisane legende crnim ili bijelim tušem, kao i rukopisom na poleđini, a zbirka sadrži nekoliko tematskih skupina vezanih za povijest zdravstva: stambena bijeda u Zagrebu 1924.; zgrade zdravstvenih ustanova; stambeni i higijenski uvjeti u hrvatskim selima; sanitarna tehnika; asanacija turopoljskog sela Mraclina; stara groblja; umjetnička djela koja prikazuju svetce zaštitnike zdravlja; spomenici javnog zdravstva u Dalmaciji; stambeni i higijenski uvjeti u Bosni; narodna medicina u Bosni.

Digitalizirana građa iz ove zbirke predstavljena je na portalu DiZbi HAZU:
https://dizbi.hazu.hr/a/?pc=i&id=2587949 Memorijalna zbirka Franje Kogoja
https://dizbi.hazu.hr/a/?pc=i&id=2589704  Fotografska baština ORL klinike u Zagrebu
https://dizbi.hazu.hr/a/?pc=i&id=2594121  Fotografska baština Muzeja za povijest zdravstva u Hrvatskoj

i na portalu e-Kultura: https://ekultura.hr/item-sets/1907963/  Zbirka fotografija

Zbirka ljekarničke opreme, namještaja i utenzilija sadrži raznovrsne upotrebne i ukrasne predmete koji potječu iz hrvatskih ljekarni, a nastali su u vremenskom rasponu od 17. do 20. stoljeća. Zbirka obuhvaća garnituru namještaja oficine, pojedinačne komade namještaja, natpisne pločice, dekorativne predmete, ljekarničke vage i utege, mužare i pistile, ljekarničku prešu, kućne i putne ljekarne, homeopatske priručne ljekarne, laboratorijske posude te uređaje i pribor za izradu lijekova i biljnih pripravaka. Zbirka je sačuvana u Odsjeku za povijest medicinskih znanosti HAZU koji ju je naslijedio od Instituta za povijest farmacije, a dopunjava se donacijama.

Zbirka medicinske opreme, instrumenata i pomagala sadrži medicinske uređaje i dijelove uređaja, garniture medicinskih instrumenata i pojedinačne instrumente, raznovrsni medicinski pribor i pomagala te sanitetski materijal. Predmeti su nastali u 19. i 20. stoljeću. Građa inicijalne jezgre zbirke prikupljena je u Hrvatskome liječničkom zboru za postav Muzeja za povijest zdravstva u Hrvatskoj (1944.), a nadalje se zbirka dopunjavala građom iz hrvatskih medicinskih ustanova i privatnih ostavština koja se do osnutka Muzeja čuvala u Odsjeku za povijest medicinskih znanosti HAZU. Zbirka je u stalnom razvoju.

Zbirka memorabilija, osobnih i uspomenskih predmeta sadrži odlikovanja, medalje, plakete, značke, privjeske, natpisne ploče, grbove, cimere, pečate, suvenire stručnih i znanstvenih skupova iz područja medicine i farmacije te osobne predmete hrvatskih medicinara i farmaceuta iz 19. i 20. stoljeća. Među ostalim privatnim ostavštinama, zbirka uključuje zanimljivu kolekciju osobnih predmeta iz radne sobe u privatnom stanu Hrvoja Tartalje, osnivača Instituta za povijest farmacije. Zbirka je formirana putem donacija.

Zbirka nastavnih i muzeografskih pomagala sadrži raznovrsne predmete: uokvirene ilustracije, kolaže crteža i fotografija s legendama, odljeve, modele, mulaže, dijapozitive, opremu za dijaprojekciju, zemljovide, rukopisne legende, izložbene panoe, postere i plakate koji imaju povijesnu vrijednost jer su neki od njih korišteni kao nastavna pomagala u hrvatskoj visokoškolskoj nastavi medicine i farmacije, a drugi kao muzeografska pomagala u postavu Muzeja za povijest zdravstva u Hrvatskoj pri Hrvatskom liječničkom zboru (1944.) te na tematskim izložbama tijekom 20. stoljeća. Inicijalna jezgra zbirke preuzeta je od Odsjeka za povijest medicinskih znanosti HAZU, a dopunjava se donacijama.

Zbirka tiskane građe sadrži raznovrsne tiskovine sa širokog područja medicine i farmacije: letke, natpise, plakate, postere, knjige, brošure i sitni tisak. Veće tematske skupine unutar zbirke čine tiskovine vezane za javno zdravstvo, ljekarništvo i farmaceutsku industriju. Predmeti su nastali u vremenskom rasponu od početka do kraja 20. stoljeća. U virtualnoj zbirci na portalima DiZbi HAZU i e-Kultura predstavljeni su javnozdravstveni plakati koje je Hrvatski muzej medicine i farmacije nakon svog osnutka preuzeo od Odsjeka za povijest medicinskih znanosti Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti. Sačuvani su kao dio dokumentarne građe iz zbirke Vladimira Ćepulića, najaktivnijeg sudionika borbe protiv tuberkuloze u Zagrebu. Zbirka sadrži plakate Škole narodnog zdravlja, Antituberkuloznog dispanzera, Društva za suzbijanje tuberkuloze i Kluba medicinara, izdane u Zagrebu između 1926. i 1937. godine. Plakati Škole narodnog zdravlja odlikuju se jasnom i snažnom vizualnom porukom u kojoj slika dominira u odnosu na tekst (primjerice: Ne idi k zaraznim bolesnicima; Kad kašlješ, maramicu pred usta! itd.). Antituberkulozni dispanzer na svojim plakatima koristi kombinacije nekoliko slika popraćenih tekstualnim porukama koje upozoravaju na opasnost od loših higijenskih navika (Tuberkulozom se možeš zaraziti i ovako) ili pak ukazuju na prednosti boravka na svježem zraku (Dajte djeci zraka i sunca). Plakati Društva za suzbijanje tuberkuloze donose programe događanja u okviru Dana borbe protiv tuberkuloze te sadrže samo tekst, često s velikim crvenim križem u podlozi, dok Klub medicinara tekstualnim plakatom iz 1930. godine oglašava predavanje Vladimira Ćepulića na temu Intelektualna zvanja u borbi protiv tuberkuloze.

Digitalizirana građa iz ove zbirke predstavljena je na portalu DiZbi HAZU: https://dizbi.hazu.hr/a/?pc=i&id=2600014  Javnozdravstveni plakati
i na portalu e-Kultura: https://ekultura.hr/item-sets/1991441/ Zbirka tiskane građe